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根据《人民共和国清洁生产促进法》第三十条规定：“申办环境管理体系流程企业可以根据自愿原则，按照国家有关环境管理体系认证的规定，向国家认证认可监督管理部门授权的认证机构提出认证申请，通过环境管理体系认证，提高清洁生产水平。”

企业如何申办环境管理体系认证，一般可分为两个阶段：
阶段，建立并实施环境管理体系阶段。 
这一阶段，企业应建立并实施环境管理体系，从形式上符合ISO14001标准的要求。 
环境管理体系的建立和实施遵循自愿原则，由企业高管理者决策决定。如果一旦决定建立该体系，应做好以下几个方面的工作： 
首先，做好人、财、物的准备。高管理者应授权建立相应的机构，并给予人力和财物方面的支持，书面任命环境管理者代表，以满足体系建立和运行的需要。 
第二，做好初始环境评审。这项工作是对企业过去和现在的环境管理情况进行评价，总结经验，找出存在的主要环境问题并分析其风险，以确定控制方法和将来的改进方向。 
第三，完成环境管理体系策划工作。所谓的环境管理体系策划，就是根据初始环境评审的结果和企业的经济技术实力，制定环境方针；确定环境管理体系构架；确定组织机构与职责；制定目标、指标、环境管理方案；确定哪些环境活动需要制定运行控制程序。 
第四，编制体系文件。ISO14001环境管理体系是一个文件化的环境管理体系，需编制环境管理手册、程序文件、作业指导书等。 
第五，运行环境管理体系。环境管理体系文件编制完成，正式颁布，就标志着环境管理体系已经建立并投入运行。 
在体系运行期间，为审查企业的环境管理活动是否已按环境管理体系文件的规定进行，环境管理体系是否得到了正确的实施和保持，为确定体系的持续适用性、充分性、有效性，企业应组织内部审核和管理评审。 
贯穿这些工作始终的另一项重要工作是全员培训。培训内容包括ISO14001标准、环境方针、法律法规，重要环境因素、体系文件、作业指导书、运行记录等。

第二阶段，认证取证阶段。 
经过内审和管理评审，企业如果确认其环境管理体系基本符合ISO14001标准要求，可向已获得中国环境管理体系认证机构认可委员会认可有认证资格的认证机构提出认证申请并签定认证合同，进入环境管理体系认证审核阶段。 
认证审核是认证机构受组织委托，以第三方身份对企业的环境管理体系与ISO14001环境管理体系标准的符合性和运行、保持的有效性进行审核验证，并确定是否向企业发放认证证书的过程。 
认证证书有效期三年，三年后，组织要申请复审，重新注册获得证书，此过程同次认证取证。 
在组织获取认证证书的两个阶段中，阶段是基础，第二阶段是对阶段工作的验证和肯定，两个阶段的工作相互联系，不可偏废。只有阶段工作充分有效，才有可能在第二阶段取得令人满意的结果。